Ecuador puso en marcha el sistema de certificación fitosanitaria electrónica ePhyto para las exportaciones agrícolas destinadas a la Unión Europea (UE). La medida entró en vigor el 1 de octubre de 2026 y reemplaza el intercambio de certificados en papel por la transmisión digital de información entre las autoridades competentes.
La implementación, coordinada por la Agencia de Regulación y Control Fito y Zoosanitario (Agrocalidad) con asistencia técnica de la Comisión Europea, busca agilizar los procedimientos de comercio exterior, reducir las demoras documentales y mejorar la coordinación de los controles fitosanitarios en los mercados de destino.
El cambio tiene relevancia para Ecuador debido al peso del mercado europeo en las exportaciones agrícolas nacionales. Durante 2025, los envíos agroalimentarios y agrícolas ecuatorianos hacia ese bloque superaron los US$ 3.390 millones en valor FOB, mientras que el sistema de certificación gestionó alrededor de 39.000 documentos anuales, según información de Agrocalidad.
ePhyto es la versión electrónica del certificado fitosanitario que acompaña a determinados envíos de plantas y productos vegetales comercializados internacionalmente. Su finalidad es transmitir de manera segura y estandarizada la información oficial que acredita el cumplimiento de los requisitos fitosanitarios establecidos por el país importador.
En lugar de depender de la circulación física de documentos, el sistema permite intercambiar datos estructurados en formato XML mediante mecanismos internacionales de transmisión electrónica. Este procedimiento facilita que las autoridades del país de destino reciban la información antes de la llegada de la mercancía y puedan organizar los controles correspondientes.
La solución se basa en estándares de la Convención Internacional de Protección Fitosanitaria (CIPF), que promueve la cooperación entre las organizaciones nacionales encargadas de proteger la sanidad vegetal.
En el caso ecuatoriano, la puesta en marcha del sistema para los envíos hacia la Unión Europea representa un cambio en la gestión documental de las exportaciones. La información se transmite digitalmente, mientras que los procedimientos técnicos de inspección, certificación y control continúan sujetos a la normativa vigente.
La Unión Europea constituye uno de los mercados relevantes para la oferta agrícola ecuatoriana. De acuerdo con Agrocalidad, durante 2025 las exportaciones destinadas a ese bloque superaron los US$ 3.390 millones en valor FOB y abarcaron más de 5.700 productos agrícolas, con aproximadamente 39.000 certificados fitosanitarios emitidos al año.
Entre los principales productos que Ecuador comercializa en Europa se encuentran el banano y otras musáceas, el cacao en grano, las flores y los follajes cortados, la madera, la pitahaya y diferentes tipos de granos.
Países Bajos, Alemania, Grecia, Italia y Bélgica figuran entre los destinos europeos de esta oferta exportable. La diversidad de productos y mercados hace que la gestión documental sea un componente importante para mantener la continuidad de los envíos y cumplir las condiciones de ingreso.
En este contexto, la digitalización puede facilitar la coordinación entre exportadores, operadores logísticos y autoridades sanitarias. Una transmisión más rápida de los certificados contribuye a reducir las dificultades asociadas con el traslado, la recepción y la validación de documentos físicos.
Uno de los principales beneficios esperados del sistema ePhyto es la reducción de los tiempos asociados con la gestión documental. Al recibir anticipadamente la información fitosanitaria, las autoridades europeas pueden disponer de los datos necesarios para preparar sus controles antes de que arribe el embarque.
Esta anticipación puede contribuir a agilizar la desaduanización y disminuir las esperas relacionadas con la documentación en los puntos de entrada. También reduce la dependencia de los certificados físicos y los riesgos asociados con su pérdida, deterioro o falsificación.
Para los exportadores, una gestión documental más eficiente puede traducirse en menores costos administrativos y una mejor coordinación de las operaciones de transporte y entrega. En las cadenas de productos perecibles, donde el tiempo de tránsito y la conservación de la mercancía son determinantes, una reducción de las demoras puede ayudar a organizar mejor las operaciones.
Sin embargo, la implementación digital no garantiza por sí sola que todos los embarques ingresen más rápido a Europa. Los tiempos efectivos también dependen de los controles aduaneros, las inspecciones fitosanitarias, las condiciones de transporte y el cumplimiento de los requisitos específicos aplicables a cada producto.
La adopción de ePhyto modifica el medio utilizado para transmitir los certificados, pero no sustituye las obligaciones sanitarias que deben cumplir las exportaciones ecuatorianas.
Los productos vegetales continúan sujetos a los requisitos de ingreso establecidos por la Unión Europea, incluidos los controles destinados a prevenir la introducción y propagación de plagas. Según el producto y el destino, pueden ser necesarias inspecciones, tratamientos específicos y otras verificaciones previstas en la normativa.
Agrocalidad mantiene sus competencias de inspección, certificación y control. Por tanto, los exportadores deben seguir gestionando los procedimientos correspondientes y comprobar que sus productos cumplen las condiciones exigidas antes de realizar cada envío.
La digitalización tampoco debe confundirse con una eliminación general de los documentos comerciales o aduaneros. El sistema ePhyto se refiere específicamente a la certificación fitosanitaria y no reemplaza automáticamente las facturas, los documentos de transporte ni otros requisitos que puedan aplicarse a una operación internacional.
La implementación de ePhyto se enmarca en la transformación digital de los procedimientos que respaldan el comercio internacional. La interoperabilidad entre los sistemas de las autoridades sanitarias permite intercambiar información de manera más estandarizada y reduce la dependencia de procesos manuales.
Para Ecuador, esta herramienta adquiere especial importancia en una cadena agroexportadora que conecta zonas de producción, centros de acopio, plantas de procesamiento, puertos y mercados internacionales. La coordinación de cada etapa es necesaria para mantener la calidad de los productos y cumplir los plazos de entrega.
La transmisión electrónica también puede mejorar la trazabilidad documental, al facilitar la consulta y verificación de la información asociada con los certificados. Esto contribuye a fortalecer la confianza entre las autoridades y los operadores que participan en el intercambio comercial.
El aprovechamiento de estas ventajas dependerá de la estabilidad de los sistemas tecnológicos, la calidad de los datos transmitidos y la capacidad de los operadores para adaptarse a los procedimientos digitales. La capacitación y la coordinación institucional serán importantes para evitar errores que puedan ocasionar demoras.
La entrada en funcionamiento del sistema ePhyto constituye un avance en la modernización de los trámites fitosanitarios entre Ecuador y la Unión Europea. No obstante, los efectos económicos concretos deberán evaluarse a partir de indicadores como los tiempos de procesamiento, las incidencias documentales, los costos administrativos y las demoras registradas en los puntos de ingreso.
Para las empresas agroexportadoras, el nuevo mecanismo representa una oportunidad para mejorar la planificación de sus envíos y reducir las tareas relacionadas con la gestión física de certificados. Su efectividad dependerá de que los procedimientos digitales funcionen de manera coordinada con las inspecciones y los demás trámites de comercio exterior.
Con cerca de 39.000 certificados fitosanitarios gestionados anualmente para productos destinados al mercado europeo, Ecuador incorpora una herramienta que puede facilitar el intercambio de información y fortalecer la organización de sus exportaciones agrícolas.
El reto será convertir la modernización documental en mejoras verificables para toda la cadena agroexportadora, sin descuidar los controles sanitarios que protegen la producción agrícola y permiten mantener el acceso a los mercados internacionales.
